Cytoscape is a network visualization platform. (Cytoscapeはネットワーク視覚化プラットフォームです。)
Recently, workflows using Cytoscape can be automatically executed from R or Python. (最近、Cytoscapeを使用したワークフローをRまたはPythonから自動的に実行できるようになりました。)
This is important not only because it can be done automatically, but also because it allows you to take advantage of the rich data analysis packages of R or Python. (これは、自動的に実行できるだけでなく、RまたはPythonの豊富なデータ分析パッケージを利用できるため重要です。)
In this workshop, I will explain the basic usage of Cytoscape automation and more practical usage. (このワークショップでは、Cytoscape automationの基本的な使用法とより実用的な使用法について説明します。)
You need to use Docker Desktop to run and reproduce the workshop material. (ワークショップの資料を実行および複製するには、Docker Desktopを使用する必要があります。)
You also need to use Cytoscape in your local desktop environment in addition to Docker. (Dockerに加えて、ローカルデスクトップ環境でも[Cytoscape]（https://cytoscape.org/download.html）を使用する必要があります。)
Unlike other workshops, this workshop cannot be reproducible with Orchestra. (他のワークショップとは異なり、このワークショップはOrchestraでは再現できません。
And You need Google Chrome. My workshop does not work with Safari. (またあなたはGoogle Chromeを必要とします。私のワークショップはSafariでは動きません。)
How to set them up will be described later. (それらの設定方法については、後で説明します。)
Install Docker Desktop. (Dockerのデスクトップ版をインストールします。)
Run the command below. (下のコマンドを実行します。)
docker run -d -p 8888:8888 kozo2/cyautoworkshopAfter the basic concepts of Cytoscape automation is introduced, (Cytoscape自動化の基本概念が導入された後、)
students will be given the opportunity to reproduce basic and practical example workflow. (学生には、基本的そして実用的なワークフローの例を再現する機会が与えられます。)
This repository provides biologically relevant analyses using the RCy3 package. (このリポジトリは、RCy3 Bioconductor パッケージを使用して生物学的に関連する分析を提供します。)